نیلی احمدآبادی در حالی به شورای عالی انقلاب فرهنگی شده که حدود 7 ماه از انتصابش در دانشگاه تهران به عنوان سرپرست این دانشگاه می‌گذرد و رسما مهلت قانونی سرپرستی‌اش تمام شده است. پس از اینکه رضا فرجی‌دانا وزیر سابق علوم با برکناری فرهاد رهبر رئیس سابق دانشگاه تهران به محمدحسین امید معاون مالی و اداری وزارت علوم ماموریت داد تا شورایی را برای انتخاب رئیس قطعی دانشگاه تهران انتخاب کند، فرآیند تشکیل کمیته شورای منتخبان در اردیبهشت‌ماه در دانشگاه تهران آغاز شد و اعضای شورا پس از تشکیل دو جلسه، 6 نفر را برای اعلام برنامه درباره ریاست دانشگاه تهران در نظر گرفتند که در این میان رحیمیان از دانشکده فنی، حسینی (مدیرکل دفتر گسترش) از دانشکده دامپزشکی، موسوی معاون بین‌الملل دانشگاه تهران، امید سرپرست دانشگاه تهران، نیلی‌احمدآبادی و کمره‌ای نیز از دانشکده فنی به عنوان کاندیداهای ریاست دانشگاه تهران مامور به ارائه برنامه به شورای دانشگاه شدند.
در آخرین جلسه شورای منتخبان دانشگاه، اعضا پس از استماع برنامه‌های گزینه‌هایی که مایل به ریاست بودند، در نهایت پس از رأی‌گیری سه نفر را به عنوان افرادی که از بیشترین اقبال در جمع دانشگاهیان دانشگاه تهران برخوردار بودند (محمدحسین امید، رحیمیان و محمود نیلی احمدآبادی) را به فرجی‌دانا معرفی کردند و وی نیز در نهایت نیلی احمدآبادی را به عنوان سرپرست دانشگاه معرفی کرد، اما در مدت حضور خود در وزارت علوم وی را به عنوان رئیس پیشنهادی دانشگاه تهران به شورای عالی انقلاب فرهنگی معرفی نکرد.
به احتمال زیاد بررسی تایید صلاحیت محمود نیلی احمدآبادی در جلسه این هفته شورای عالی انقلاب فرهنگی مطرح می‌شود.